查看主要有机分子的结构式、官能团、沸点、溶解度。通过3D风格显示比较结构与性质的关系，这是有机化学模拟器可以让您直观理解分子结构和性质的关系。
$$E_{bond} = D_e\left[1 - e^{-a(r-r_0)}\right]^2$$
Morse势：\(D_e\) 键离解能，\(r_0\) 平衡键距
$$E_{total} = \sum E_{bond} + \sum E_{angle} + \sum E_{torsion} + \sum E_{vdW}$$
分子力场（MMFF/UFF）：键、角、二面角、范德华势之和
$$\text{IHD} = \frac{2C + 2 + N - H - X}{2}$$
不饱和度（IHD）：\(C, N, H, X\) 为各元素原子数。环或双键各+1
有机化合物是以碳为骨架的化合物的总称。碳有4条化学键，可与其他碳、氢、氧、氮等形成多样化的结构。决定分子性质的关键是官能团（特定的原子团）。
即使碳数相同，官能团不同也会导致完全不同的物理性质。例如，2个碳原子的化合物：乙烷（烷烃，沸点−89°C）、乙醇（醇类，沸点78°C）和乙酸（羧酸，沸点118°C）的沸点差异很大。
在相同的官能团类中（如烷烃），碳数增加导致分子量增加，范德华力增强，沸点上升。请在图表中确认烷烃沸点的变化趋势。
在燃烧分析和爆炸模拟（反应CFD）中需要燃料的化学物质模型。正庚烷和异辛烷等替代燃料模型被用作汽车发动机燃烧的标准代用燃料。分子结构决定了燃烧焓和点火特性（十六烷值、辛烷值）。
有机分子结构查看器的物理模型部分从力学和热力学角度分析分子的立体结构和物理性质。分子内原子间的化学键基于谐振子近似，结合能表示为 \( E_{\text{bond}} = \frac{1}{2} k (r - r_0)^2 \)，其中 \( k \) 是力常数，\( r \) 是原子间距离，\( r_0 \) 是平衡键长。分子间相互作用采用Lennard-Jones势 \( V(r) = 4\varepsilon \left[ \left( \frac{\sigma}{r} \right)^{12} - \left( \frac{\sigma}{r} \right)^6 \right] \)，用以解释沸点和溶解度的差异。例如，形成氢键的醇类显示较高的沸点，而无极性分子仅由范德华力聚集。这样，通过定量可视化官能团的极性和分子形状对物理性质的影响，可以直观地理解结构与性质的关系。
产业应用例
制药业在药物候选化合物的结构和物理性质（溶解度和沸点）时，用本查看器进行预检查，优化口服吸收和合成工艺。例如，抗流感药物"磷酸奥司他韦"的官能团和溶解性的关系被直观地理解，制剂设计的效率得到提高。化妆品业确认保湿剂"甘油"的羟基数与沸点的相关性，预测处方稳定性。
研究和教育应用
在大学有机化学实习中，学生可直观学习分子结构与沸点、溶解度的因果关系。例如，通过从官能团类型和分子间力的角度可视化乙醇（沸点78℃）和二乙醚（沸点34℃）结构差异的原因，加深理解。在研究现场，在设计新型聚合物材料时，作为快速检视单体结构和溶解性权衡的工具被利用。
与CAE分析的连接与实务定位
本查看器在分子动力学（MD）模拟和工艺CAE的预处理阶段，提供目标分子的基础物理性质作为输入数据。例如，化工厂蒸馏塔设计中，用本工具确认各组分的沸点数据后，连接到ASPEN Plus等工艺模拟器，提高分离条件的精度。实务中，定位为实验数据的替代品，用于初期设计的筛选，有助于减少试制次数。
常有人认为"沸点高的分子对水的溶解度也高"，但实际存在相反的例子。例如，长链烷烃分子间力强，沸点高，但与水的亲和性低，溶解度极小，所以沸点和溶解度不一定相关。
常有人认为"官能团相同物性就相同"，但实际上分子整体的立体结构和碳链长度对沸点和极性有很大影响。例如，具有相同羟基的醇，甲醇和1-辛醇的沸点差超过100℃以上，仅从官能团判断物性是危险的。
常有人认为"结构式上的化学键可自由旋转"，但含有双键或环的分子旋转受限，会出现立体异构体。特别是顺反异构体的沸点和极性不同，绘制结构式时要注意化学键的自由度，意识到分子的真实三维结构。
乙酸（CH₃COOH）分子量60.05 g/mol，与其同分异体甲酸甲酯在结构查看器中重叠时，羧基位置对沸点的影响变得清晰。乙酸沸点118℃，与甲酸甲酯（沸点32℃）的同分异体相比，氢键能力差异可视化理解。有机溶剂的溶解度是乙酸对水完全互溶，而甲苯（C₇H₈）因非极性与水不互溶，这个原因通过结构显示就明白了。